Yo creo que eso depende de la interactividad que haya. Si se limita a actuar dentro del propio archivo .SWF, sería posible. Ahora bien, si afecta al exterior (por ejemplo, pulsar en un botón Flash para cambiar de página en el propio documento .PDF), lo vería más complicado. En cualquier caso, escapa a mis conocimientos.
Para la primera opción, esto es lo que he encontrado googleando:
<i>You link Flash files to a PDF in the same way that you do Quicktime movies - with the movie tool. Acrobat 5 seems to like the Flash to be in .mov (or associated some way as a Quicktime file) format, where Acrobat 4 will allow you to use a native .swf file. Don't know why this is yet, but it seems to be working that way for me. Sometimes I use Acrobat 4 to insert an .swf and then open the file in Acrobat 5 to continue working on the document. You can always save as Quicktime from Flash (and it retains its interactivity). Remember the Flash file has to travel with the PDF. Hope this helps.</i>
O sea, que no se puede "meter" en el documento .PDF, pero sí enlazar desde él. El efecto de cara al usuario sería el mismo. Yo tengo la versión 5 de Adobe Acrobat, así que no he podido probar qué tal funciona.
De todas formas, por buscar alternativas, ¿por qué guardar en HTML no te serviría?